Em Portugal, podem candidatar-se unidades com licenças válidas de empreendimentos turísticos, alojamento local, parques de campismo, restaurantes e centros de conferência. Os estabelecimentos galardoados em 2024 que desejem renovar a sua candidatura e certificado para 2025 devem submeter a candidatura até 28 de fevereiro, enquanto que as novas candidaturas devem ser apresentadas até 31 de janeiro de 2025 através do site da Associação Bandeira Azul de Ambiente e Educação.
O custo da candidatura varia consoante a tipologia do estabelecimento e foi atualizado para a edição de 2025, sendo possível consultar os valores no site oficial, que também disponibiliza os detalhes sobre as diferentes fases do processo.